Disco duro y juegos

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Hola! tengo una pc de torre con 2 discos sata, uno de ellos es el que vino en la pc y el otro es de una notebook que tenia. El tema es que cuando pongo el disco de la notebook como disco principal de arranque los juegos me andan más lento que con el otro disco. Es un tema de velocidad de discos, de drivers, que puede ser?

Estos son los componentes de mi pc:

Procesador AMD FX 8870 4.3 ghz, video GTX 750 TII,8 gb ram, placa asus M5a97 r2.0 , fuente EVGA 700W reales
 
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