Os agradezco a todos las felicitaciones. De todas formas, creo que el mérito lo tiene realmente Carl Eugen Hoyos, que es el desarrollador del proyecto ffmpeg que ha programado el soporte para PAFF. Y, aparte mi compilación "casera", ya empiezan a verse los primeros frutos del trabajo de Hoyos:

Para los que lo quieran probar, ya hay una versión "oficial" de vlc con soporte para h264 con entrelazado PAFF.
Se puede descargar aquí:
http://nightlies.videolan.org/build/win ... 1022-0523/
Es una "nightly build" de la versión inestable vlc 0.9.0 y (seguramente por eso de que es inestable) a mí no me funciona bien (después de consumir toda la memoria ram se cierra solo). Pero a lo mejor a alguno de vosotros os va bien.

Hay también ya versiones de Mplayer y Mencoder con soporte para h264-PAFF
http://oss.netfarm.it/mplayer-win32.php
(hay que seleccionar "Download Mplayer svn rev 24762")

En la misma página se puede descargar también una versión de ffmpeg compilada para Windows con soporte h264-PAFF
Com Mencoder y ffmpeg se puede probar ya a convertir las grabaciones de imagenio a otros formatos son necesidad de usar CoreAVC, Avisynth y VirtualDub (yo he probado ya Mencoder y el vídeo lo convierte muy bien, pero no sincroniza bien el audio).
Saludos