Te paso cómo lo haría yo.
Primero, crea los canales individuales, puesto que no vamos a dejar que sean los AP's los que elijan dichos canales. Vamos a plantarle el canal 11 al hap-mini, que es el que más alejado está en esa banda de la frecuencia del teléfono inalámbrico, y el canal 6 en el hap-ac3. La configuración del hap-ac3 de 5ghz no la voy a tocar.
Primero, creamos los canales independientes. Bajamos la potencia a la mitad de los dBm's de como se emiten por defecto (se emiten con 20dBm's, pues los dejamos en 10dBm's). Si ves que se quedan cortos, súbelos a 15, pero cuanto más bajo opere el hap-mini mejor, dado que está pegado el inalámbrico, por lo que me cuentas.
Código:
/caps-man channel
add band=2ghz-g/n control-channel-width=20mhz extension-channel=disabled \
frequency=2412 name=channel-1 tx-power=10
add band=2ghz-g/n control-channel-width=20mhz extension-channel=disabled \
frequency=2437 name=channel-6 tx-power=10
add band=2ghz-g/n control-channel-width=20mhz extension-channel=disabled \
frequency=2462 name=channel-11 tx-power=10
Luego, metemos reglas de configuración (además de las que tienes), específicas por canal. No las vamos a usar todas, pero déjo también la del canal 1 por si las moscas la usaras en un futuro.
Código:
/caps-man configuration
add channel=channel-1 country=spain datapath=home-dp mode=ap name=\
home-wifi-2ghz-ch1-cfg rates=gn-only security=home-sp ssid=MikroTik
add channel=channel-6 country=spain datapath=home-dp mode=ap name=\
home-wifi-2ghz-ch6-cfg rates=gn-only security=home-sp ssid=MikroTik
add channel=channel-11 country=spain datapath=home-dp mode=ap name=\
home-wifi-2ghz-ch11-cfg rates=gn-only security=home-sp ssid=MikroTik
add channel=channel-1 country=spain datapath=guest-dp mode=ap name=\
guest-wifi-2ghz-ch1-cfg rates=gn-only security=guest-sp ssid=guests
add channel=channel-6 country=spain datapath=guest-dp mode=ap name=\
guest-wifi-2ghz-ch6-cfg rates=gn-only security=guest-sp ssid=guests
add channel=channel-11 country=spain datapath=guest-dp mode=ap name=\
guest-wifi-2ghz-ch11-cfg rates=gn-only security=guest-sp ssid=guests
Ahora deshabilitamos la regla vieja de provisioning de la wifi de 2,4GHz que, según tu configuración, es la primera regla:
Código:
caps-man provisioning set 0 disabled=yes
Por último, creamos nuevas reglas de provisión específicas por AP. Para ello, especificamos la MAC address: cambia los valores que ves ahí [00:11:22:AA:BB:CC que asigno la hap-mini y 33:44:55

D:EE:FF que asigno al hpa-ac3] por las direcciones MAC de la wifi de 2'4GHz para cada equipo. En la pestaña "Radio" podrás ver la dirección MAC del hap-mini (única, porque sólo tiene un radio) y las dos del hap-ac3 (doble banda=dos radios), la primera de las dos para ese equipo es la de 2,4Ghz.
Código:
/caps-man provisioning
add action=create-dynamic-enabled comment=hap-mini hw-supported-modes=gn \
master-configuration=home-wifi-2ghz-ch11-cfg name-format=prefix-identity \
name-prefix=2ghz radio-mac=00:11:22:AA:BB:CC slave-configurations=\
guest-wifi-2ghz-ch11-cfg
add action=create-dynamic-enabled comment=hap-ac3 hw-supported-modes=gn \
master-configuration=home-wifi-2ghz-ch6-cfg name-format=prefix-identity \
name-prefix=2ghz radio-mac=33:44:55:DD:EE:FF slave-configurations=\
guest-wifi-2ghz-ch6-cfg
Por último, y para borrar el jaleo de interfaces antiguas que tienes en el hap-ac3, apaga y enciende capsman o pégale directamente un reinicio. Ojo, que la wifi de 5GHz tarda en levantar.
Saludos!