Os voy a ser sinceros os metéis en unos líos vosotros solos, por cambiar configuraciones que no son las específicas. Hay tres formas de instalar eMule:
Forma 1 - La instalación por defecto para varios usuarios (cada usuario tiene su propia configuración), con las rutas por defecto, que son estas. Para el programa:
C:\Program Files\eMule (con sistemas operativos Windows de 32 bits)
C:\Program Files (x86)\eMule (con sistemas operativos Windows de 64 bits)
Configuraciones por defecto para cada usuario:
C:\Users\"Usuario"\AppData\Local\eMule\config
Archivos descargados y temporales
C:\Users\"Usuario"\Downloads\eMule\incoming
C:\Users\"Usuario"\Downloads\eMule\temp
Forma 2 - Compartida donde la configuración se guardan dentro de la carpeta principal del eMule (ojo con esto, por que hay que tener permisos específicos a esta carpeta, a partir de Windows Vista en adelante, y más con Windows 10. Por tanto esta segunda forma no es nada recomendable)
Configuración y programa por defecto:
C:\Program Files\eMule (con sistemas operativos Windows de 32 bits)
C:\Program Files (x86)\eMule (con sistemas operativos Windows de 64 bits)
C:\Program Files\eMule\config (con sistemas operativos Windows de 32 bits)
C:\Program Files (x86)\eMule\config (con sistemas operativos Windows de 64 bits)
Archivos compartidos y temporales:
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Si el sistema operativo es de 32 bits:
C:\Program Files\eMule\incoming
C:\Program Files\eMule\temp
Si el sistema operativo es de 64 bits
C:\Program Files (x86)\eMule\incoming
C:\Program Files (x86)\eMule\temp
Forma 3 - Misma configuración para todos:
C:\Program Files\eMule (con sistemas operativos Windows de 32 bits)
C:\Program Files (x86)\eMule (con sistemas operativos Windows de 64 bits)
Configuraciones por defecto:
C:\ProgramData\eMule\config
Archivos descargados y temporales
C:\Users\Acceso Público\Downloads\eMule\incoming
C:\Users\Acceso Público\Downloads\Local\eMule\temp
Program files -> Archivos de programa
Users -> Usuarios
Downloads -> Descargas
Todo lo que sea variar esto es liarse.
Si queréis que solo se comparta una carpeta, hacer como yo y crear una carpeta en la partición y disco adecuado, donde ponga algo como "Archivos compartidos" y meter ahí todo, luego solo tenéis que meter ahí lo que queráis compartir, e ir a las preferencias del eMule, y en el apartado Directorios, arriba cambiar, para elegir esa carpeta.
Saludos.